В. Ф. Еремин, Е. Л. Гасич , С. В. Сосинович, А. С. Немира, Т. П. Грушко
ГУ «РНПЦ эпидемиологии и микробиологии», г. Минск, ГУ «Гомельский областной центр гигиены, эпидемиологии и общественного здоровья»
В статье представлены данные по характеристике ВИЧ по участку гена env, изолирован-ного от пациентов из разных регионов республики. Показано, что из 126 последовательностей изолятов вируса 96 (76,2%) были отнесены к R5-тропным, а 30 (23,8%) к X4-тропным вариантам вируса. Определено, что среди R5-тропных вариантов 80 (83,3%) относились к субтипу А1, 5 (5,2%) – к В, 4 (4,2%) – к G, по 3 (3,1%) – к CRF02_AG и CRF03_AB и 1 (1,0%) – к CRF06, а среди X4-тропных 25 (83,3%) – к А1 субтипу, 3 (10%) – к CRF03_AB и по 1 (3,3%) – к субтипу В и к уникальной рекомбинатной форме (URF). Определено, что все из 25 проанализированных аминокислотных последовательностей R5-тропных вариантов ВИЧ относились к несинциеобразующим М-тропным, а из 13 X4-тропных, 6 (46,2%) были отнесены к SI Т-тропным изолятам. Определение тропности изолятов ВИЧ имеет не только важное значение при назначении ингибиторов слияния, но и прогностическое.
ключевые слова: ПЦР, генотипирование, ВИЧ, субтипы, секвенирование, NSI- SI-варианты
Prevalence R5 (SI/M) and X4 (SI/T)-tropic viruses in a population of HIV-infected patients in Belarus
V. F. Eremin, E. L. Gasich, S. V. Sosinovich, A. S. Nemira, T. P. Grushko
Data on HIV V3 loop region gene env, isolated from patients from different regions of the Republic of Belarus characteristics are presented. It was shown that of the 126 sequences of HIV isolates 96 (76.2%) were classified as R5-tropic, and 30 (23.8%) to the X4-tropic virus variants. It determined that among R5-tropic variants 80 (83.3%) belonged to the A1 subtype, 5 (5.2%) – to B, 4 (4.2%) – to G, 3 (3,%) – to CRF02_AG and CRF03_AB, 1 (1.0%) – to CRF06_cpx, and among X4-tropic 25 (83.3%) – to A1 subtype, 3 (10%) – to CRF03_AB and 1 (3.3%) – to subtype B and unique to recombinant form (URF). It was determined that all of the 25 analyzed amino acid sequences of R5-tropic HIV variants treated to NSI, M-tropic and of 13 X4-tropic, 6 (46.2%) were assigned as SI T-tropic isolates. Determination HIV isolates tropism is not only important in the appointment of fusion inhibitors, but also prognostic.
keywords: PCR, genotyping, HIV subtypes, sequencing, X4- R5-tropic, NSI- SI-variants
1. Robertson, D. L., Anderson J. P., Bradac J. A. et al. HIV-1 nomenclature proposal // Science - 2000. - Vol. 288. - P. 55-60.
2. Plantier, J. C., Leoz M., Dickerson J. E. et al. A new human immunodeficiency virus derived from gorillas // Nat Med. - 2009. - Vol. 8. - P. 871-872.
3. http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/HIV/CRFs/ CRFs.hmt.
4. Labrijn, A. and Parren P. W. H. I. Neutralizing epitopes of HIV-1 // htt://hiv-web.lanl.gov, 2001/.
5. Deng, H., Liu R., Ellmeler W. et al. Identification of a major co-receptor for primary isolates of HIV-1 // Nature. - 1996. - Vol. 381. - P. 662-666.
6. Moor, J. P., Trkola A., Dragic T. Co-receptors for HIV-1 entry // Cur Opi Immunol. - 1997. - Vol. 9. - P. 551-562.
7. Fouchier, R. A. M., Groenink M., Kootstra N. A. et al. Phenotype-associated sequence variation in the third variable domain of the human immunodeficiency virus type 1 gp120 molecule // J. Virology. - 1992. - Vol. 66. - P. 3183-3187.
8. De Jong, J.-J., de Ronde A., Keulen W. et al. / Minimal requirements for the human immunodeficiency virus type 1 V3 domain to support the syncytium-inducing phenotype: analysis by single amino acid substitution // J. Virology. - 1992. - Vol. 66. - P. 6777-6780.
9. De Wolf, F., Hogervorst E., Goudsmit J. et al. Syncytium-inducing and non- Syncytium-inducing capacity of human immunodeficiency virus type 1 subtypes other than B: phenotypic and genotypic characteristics // AIDS Res & Hum Ret. - 1994. - Vol. 10. - P. 1387-1399.
10. Cornelissen, M., Mulder-Kampinga G., Veenstra J. et al. Syncytium-inducing (SI) phenotype suppression at seroconversion after intramuscular inoculation of a non-syncytium-inducing/SI phenotypically mixed human immunodeficiency virus population // J. Virology. - 1995. - Vol. 69. - P. 1810-1818.
11. Pessoa, R., Sanabani S. S. / Frequent detection of CXCR4-using viruses among Brazilian blood donors with HIV-1 long-standing infection and unknown clinical stage: analysis of massive parallel sequencing data // Data in brief. - 2016. - Vol. 6. - P. 267-274.
Формат файла: pdf (794.24 Кб)