Н.В. Полякова, Е.О. Самойлович, Г.В. Семейко
ГУ «РНПЦ эпидемиологии и микробиологии»
При проведении молекулярно-генетического мониторинга циркуляции ротавирусов в Республике Беларусь в 2012-2015 гг. наряду с широко распространенными генотипами были выявлены три редких для Беларуси генотипа (G12P[8], G3P[9], G2P[8]), из которых два последних являются редкими во всем мире.
ключевые слова: ротавирусы, филогенетический анализ, G2P[8], G3P[9], G12P[8]
The phylogenetic characteristic of rotaviruses of seldom found genotypes revealed in Republic of Belarus
N.V. Polyakova, E.O. Samoylovich, G.V. Semeyko
Molecular monitoring of rotavirus circulation in Belarus in 2012-2015 reviles three rare for Belarus genotypes (G12P[8], G3P[9], G2P[8]), last two of which are rare worldwide. Sequencing of VP4 and VP7 genes of these viruses and their phylogenetic analysis shows that rotaviruses G3P[9] have zoonotic origin, rotaviruses G12P[8] and one of the strains G2P[8] have imported origin.
keywords: rotaviruses, phylogenetic analysis, G2P[8], G3P[9], G12P[8]
1. Гудков, В. Г., Виринская А. С., Плотникова К. Ю., Бискина Н. М., Новацкая Ю. В. Ротавирусная инфекция в Республике Беларусь: характеристика эпидемического процесса, оценка бремени заболеваемости и структура GP популяции возбудителя. //Здравоохранение (Минск). – 2010. – №. 11. – С. 28-33.
2. Полякова, Н. В., Семейко Г. В., Самойлович Е. О. Генотипический пейзаж ротавирусов – этиологических агентов острых гастроэнтеритов у детей в г. Минске в 2012-2013 гг. //Сб. научных трудов «Молекулярная и прикладная генетика». – 2014. – Т.7. – С. 19-27.
3. Das, B. K., Gentsch, J. R., Cicirello, H. G., Woods, P. A., Gupta, A. Characterization of rotavirus strains from newborns in New Delhi, India //Journal of clinical microbiology. – 1994. – Т. 32. – №. 7. – С. 1820-1822.
4. Dóró, R. László B., Martella C. Review of global rotavirus strain prevalence data from six years post vaccine licensure surveillance: is there evidence of strain selection from vaccine pressure? //Infection, Genetics and Evolution. – 2014. – Т. 28. – С. 446-461.
5. Estes, M. K., Cohen J. Rotavirus gene structure and function //Microbiological reviews. – 1989. – Т. 53. – №. 4. – С. 410-449.
6. Gentsch, J., Glass R.I., Woods P., Gouvea V., Gorziglia M. Identification of group A rotavirus gene 4 types by polymerase chain reaction //Journal of Clinical Microbiology. – 1992. – Т. 30. – №. 6. – С. 1365-1373.
7. Gouvea, V., Glass R.I., Woods P., Taniguchi K., Clark H.F. Polymerase chain reaction amplification and typing of rotavirus nucleic acid from stool specimens //Journal of clinical microbiology. – 1990. – Т. 28. – №. 2. – С. 276-282.
8. Komoto, S., Tacharoenmuang, R., Guntapong, R., Ide, T., Haga, K., Katayama, K. Emergence and characterization of unusual DS-1-like G1P[8] rotavirus strains in children with diarrhea in Thailand //PloS one. – 2015. – Т. 10. – №. 11. – С. 14-39.
9. Martella, V., Potgieter, A. C., Lorusso, E., De Grazia, S., Giammanco, G. M., Matthijnssens, J. A feline rotavirus G3P [9] carries traces of multiple reassortment events and resembles rare human G3P [9] rotaviruses //Journal of general virology. – 2011. – Т. 92. – №. 5. – С. 1214-1221.
10. Matthijnssens, J., Ciarlet, M., Heiman, E., Arijs, I., Delbeke, T., McDonald, S. M. Full genome-based classification of rotaviruses reveals a common origin between human Wa-Like and porcine rotavirus strains and human DS-1-like and bovine rotavirus strains //Journal of virology. – 2008. – Т. 82. – №. 7. – С. 3204-3219.
11. Matthijnssens, J., Ciarlet, M., Rahman, M., Attoui, H., Bányai, K., Estes, M. K. Recommendations for the classification of group A rotaviruses using all 11 genomic RNA segments //Archives of virology. – 2008. – Т. 153. – №. 8. – С. 1621-1629.
12. Saitou, N., Nei M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees //Molecular biology and evolution. – 1987. – Т. 4. – №. 4. – С. 406-425.
13. Semeiko, G. V. Yermalovich M., Polyakova N., Mijatovic-Rustempasic S., Kerin T., Wasley A., Videbaek D, Gentsch J., Bowen M., Samoilovich E. Rotavirus genotypes in Belarus, 2008–2012 //Infection, Genetics and Evolution. – 2014. – Т. 28. – С. 480-485.
14. Tamura, K. MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0 //Molecular biology and evolution. – 2013. – Т. 30. – №. 12. – С. 2725-2729.
15. Yamamoto, S. P., Kaida, A., Kubo, H., & Iritani, N. Gastroenteritis Outbreaks Caused by a DS-1–like G1P [8] Rotavirus Strain, Japan, 2012–2013 //Emerging infectious diseases. – 2014. – Т. 20. – №. 6. – С. 1030.
Формат файла: pdf (781.02 Кб)